專項工程支出是指各主管部門撥付給各工程、項目或單位具有專門用途的資金支出。該項支出憑撥款計劃、收款單位（收款人）開具的合法有效票據(jù)，經(jīng)項目部門（人員）證明認定，財務(wù)管理員、證明人、財務(wù)審批人簽字后，方可入賬。

新制度將“專項工程支出”科目改設(shè)“在建工程”科目。調(diào)帳時，應按本規(guī)定首先對“專項工程支出”科目進行相應調(diào)整后，再將余額轉(zhuǎn)入“在建工程”科目。

企業(yè)會計制度中的“在建工程”科目（工業(yè)、運輸、商品流通企業(yè)等會計制度中稱為“在建工程”，房地產(chǎn)、外經(jīng)企業(yè)會計制度中稱為“固定資產(chǎn)購建支出”，施工企業(yè)會計制度中稱為“專項工程支出”，下同），分設(shè)為“基建工程支出”、“更改工程支出”、“大修理工程支出”和“工程物資”四個一級科目。對于基本建設(shè)業(yè)務(wù)不多或工程量不大的企業(yè)，仍可沿用“在建工程”科目，并在本科目下設(shè)置有關(guān)明細科目進行明細核算。