內(nèi)部機構(gòu)設(shè)置權(quán)是指除法律或國務(wù)院另有規(guī)定的，企業(yè)有權(quán)決定內(nèi)部機構(gòu)的設(shè)立、調(diào)整，決定企業(yè)的人員編制，企業(yè)有權(quán)拒絕任何部門和單位提出的設(shè)置對口機構(gòu)、決定人員編制和級別待遇的要求。

企業(yè)的內(nèi)部機構(gòu)設(shè)置權(quán)的性質(zhì)實際上是指，企業(yè)根據(jù)生產(chǎn)經(jīng)營的需要，按照精簡、效率、合理的原則，依法自行決定內(nèi)部機構(gòu)的組成及其人員編制的權(quán)利。

企業(yè)的內(nèi)部機構(gòu)設(shè)置權(quán)的具體內(nèi)容包括：

(1)企業(yè)有權(quán)決定內(nèi)部機構(gòu)的設(shè)立、調(diào)整和撤銷，決定企業(yè)的人員編制。

(2)企業(yè)有權(quán)拒絕任何部門和單位提出的設(shè)置對口機構(gòu)、規(guī)定人員編制和級別待遇的要求。任何侵犯企業(yè)的內(nèi)部機構(gòu)設(shè)置權(quán)的行為都是違法的行為，法律另有規(guī)定和國務(wù)院有特殊規(guī)定的除外。

(3)法律和國務(wù)院有特殊規(guī)定的，企業(yè)不能自行其是，必須設(shè)立。對于一般企業(yè)，《兵役法》、《中華人民共和國會計法》(以下簡稱《會計法》)、《人民調(diào)解委員會組織條例》、《治安保衛(wèi)委員會暫行組織條例》、《倉庫防火安全管理條例》、《國營企業(yè)成本管理條例》、《1爭計條例》等法律、法規(guī)要求企業(yè)設(shè)立相應機構(gòu)，企業(yè)應當設(shè)立。此外，對于一些特殊行業(yè)企業(yè)，一些法律和法規(guī)要求設(shè)立相應機構(gòu)的，企業(yè)也應設(shè)立相應機構(gòu)。

內(nèi)部機構(gòu)設(shè)置權(quán)的具體原則是：

(1)從企業(yè)的規(guī)模、生產(chǎn)性質(zhì)、技術(shù)復雜程度、生產(chǎn)經(jīng)營范圍等實際情況出發(fā)，隨著這些特點的變化，適時地、謹慎地調(diào)整機構(gòu)，與本企業(yè)的生產(chǎn)經(jīng)營活動相適應。

(2)要體現(xiàn)精簡、效能的原則。在服從生產(chǎn)經(jīng)營需要的條件下，力求減少管理層次，精簡機構(gòu)和管理人員，建立精干有力的企業(yè)機構(gòu)，提高工作效率。

(3)按照職能業(yè)務(wù)性質(zhì)設(shè)置機構(gòu)。現(xiàn)代企業(yè)的管理職能較多，如計劃管理，生產(chǎn)管理，技術(shù)管理，勞動管理，財務(wù)管理等等。根據(jù)這些管理職能建立的機構(gòu)，必須合理分工、密切配合。

(1)企業(yè)領(lǐng)導人應該加強“自主經(jīng)營權(quán)”觀念，明確企業(yè)的內(nèi)部機構(gòu)設(shè)置權(quán)屬于企業(yè)自主經(jīng)營權(quán)，除法律或國務(wù)院有特殊規(guī)定的，任何政府機構(gòu)和政府官員都不得以任何借口干涉，對于政府機構(gòu)和政府官員干涉企業(yè)內(nèi)部機構(gòu)設(shè)置權(quán)的行為，企業(yè)應主動抵制，不予執(zhí)行。

(2)對于已經(jīng)發(fā)生的政府機構(gòu)和政府官員干涉企業(yè)內(nèi)部機構(gòu)設(shè)置權(quán)的行為，企業(yè)領(lǐng)導人應該積極和政府機構(gòu)溝通，或向其上級政府機關(guān)反映，促使撤銷其行政決定，保護企業(yè)內(nèi)部機構(gòu)設(shè)置權(quán)不受侵犯。

(3)對于通過溝通和反映仍無法撤消的干涉企業(yè)內(nèi)部機構(gòu)設(shè)置權(quán)的行政決定，企業(yè)應向人民法院提起行政訴訟，尋求司法保護。

(4)對于已構(gòu)成犯罪的侵害企業(yè)的內(nèi)部機構(gòu)設(shè)置權(quán)的行為，企業(yè)可以向司法機關(guān)報案，要求司法機關(guān)依法追究侵害一方的刑事責任。