功能預(yù)算是指在編制預(yù)算時，不以預(yù)算部門作為劃分標(biāo)準，而是根據(jù)政府的職能和經(jīng)費性質(zhì)對開支加以分類進行預(yù)算編制的方法。

傳統(tǒng)的功能預(yù)算是一種不分組織單位和開支對象，而是按照政府目標(biāo)或職能對開支加以分類的方法，便于了解政府的行使職能，如基建支出、支農(nóng)支出等項目的數(shù)額，但卻存在其難以克服的缺陷，表現(xiàn)為：

1．部門沒有一本完整的預(yù)算。

各部門的預(yù)算一般只反映預(yù)算內(nèi)資金的日常經(jīng)費收支，不反映預(yù)算內(nèi)安排的建設(shè)性和事業(yè)發(fā)展性支出，也不包括預(yù)算外資金和自有資金。

2．預(yù)算編制粗糙，缺乏部門內(nèi)部責(zé)任機制和外部有效的監(jiān)督機制。

沒有將預(yù)算指標(biāo)細化到部門和單位，這在一定程度上影響了人大代表審查監(jiān)督作用的發(fā)揮。

3．預(yù)算編制缺乏科學(xué)、必要的定員定額標(biāo)準。

人員和公共資源的底數(shù)不清，預(yù)算分配和資金使用的透明度低。

4．預(yù)算資金分配權(quán)分散。

一個單位或部門的資金多口供應(yīng)，不僅僅由財政內(nèi)部不同的職能機構(gòu)分兵把口，也存在財政和部門分頭供給資金的情況。

5．預(yù)算約束軟化。

一方面是預(yù)算機動權(quán)力過大，形成預(yù)算的二次分配，助長了“跑部錢進”，容易滋生腐?。涣硪环矫媸?a href="/wiki/%E9%A2%84%E7%AE%97%E6%89%A7%E8%A1%8C" title="預(yù)算執(zhí)行">預(yù)算執(zhí)行過程中追加追減的情況時有發(fā)生。從下達預(yù)算開始到年終，追加預(yù)算的報告不斷，財政部門忙于應(yīng)付追加追減的審核，日常監(jiān)督和管理工作弱化。

部門預(yù)算與功能預(yù)算相比，既有相同之處，又有不同之處。